Fundado em 07 de abril de 1910, o Colégio São José construiu sua base de forma simples e humilde tendo como estrutura inicial três pequenas casinhas que serviam para a alfabetização das cinco primeiras alunas. O mesmo foi criado com o objetivo de oferecer educação integral às moças da cidade e região. No começo funcionava em sistema de internato e externato e quem lecionava e desenvolvia todos os trabalhos eram somente as religiosas. A educação oferecida não se limitava somente a educação sistemática, mas as jovens tinham aulas de música, teatro, artesanatos,
civilidade e cidadania, educação para o lar e principalmente uma formação formada nos valores
cristãos.

Nos primeiros anos as famílias da região foram percebendo a seriedade com que as Irmãs desenvolviam seus trabalhos e pouco a pouco foram aderindo à proposta do Colégio que foi crescendo em quantidade de alunas e com trabalho árduo das irmãs e a colaboração das famílias o educandário foi crescendo e se adequando para acolher as novas alunas.

Os trinta primeiros anos a escola foram administrados pelas Irmãs Dominicanas sendo nesse período ministrados os Cursos Primário e Normal. Entre eles havia um estágio preparatório, que duravam dois anos, equivalente hoje ao segundo segmento do Ensino Fundamental. Em 1943, com a saída das Dominicanas, as Irmãzinhas de Jesus Adolescentes assumiram a administração da escola por dois anos, sob a direção do Padre Antônio Marcigaglia.

Desde 1945, a Congregação das Religiosas Missionárias de Nossa Senhora das Dores, fundada por Madre Maria de Jesus, assumiu a direção do São José, a pedido do Arcebispo de Goiás, D.Emanuel Gomes de Oliveira. Um sonho guiava os passos da pequena comunidade: educar a criança e o jovem – este era o ideal sonhado.

As missionárias enfrentaram muitas lutas e sacrifícios: uma pequena casa servia para o colégio, cuja 1ª diretora foi Irmã Isabel do Sagrado Coração; poucas salas, poucas alunas. O número de alunas foi crescendo. Em 1956 o Colégio foi autorizado pelo Ministério da Educação a ministrar também o Curso Ginasial.

Em 1978 quase foram fechados seus portões, pois eram grandes as dificuldades. Mas veio o milagre do renascer. Em 1980, a Secretaria de Educação e Cultura do estado de Goiás reconhece oficialmente o Colégio São José com todos os seus cursos. Em 1994, realizou-se a abertura do curso Científico, atualmente Ensino Médio, de acordo com a LDB. Em 1995, sob a direção de Irmã Luzia de Araújo, a comunidade educativa festejou, com, alegria os 50 anos de trabalho das Missionárias de Nossa Senhora das Dores em Formosa e foi inaugurado o novo salão para festas. Preocupado com o nível de aprendizagem e a necessidade de inovação em seus serviços, o Colégio São José, desde 2002, estabeleceu parceria com a Rede Pitágoras, primeiro grupo educacional brasileiro a receber a certificação ISO 9002 de qualidade de Ensino. Além da coleção de livros atualizados anualmente, a parceria oferece suporte, treinamento e aperfeiçoamento constante aos professores, funcionários e profissionais das equipes técnicas e administrativas do colégio. Estágios e eventos como Colegiados, Encontros Pedagógicos, Seminários Temáticos, Cursos Gerenciais e Congressos de Educadores e de Pais garantiram crescimento na qualidade e inovação nos serviços da educação das crianças, adolescentes e jovens. Em 17 de abril de 2004, um novo espaço nasceu com a construção do Centro Esportivo Irmã Gema Galganni, para ali funcionar o Projeto de Ação Social que assiste e promove crianças de 7 a 15 anos e para melhor servir os seus alunos e a toda comunidade formosense, pela
prática de esportes.

Respaldado nos princípios e valores que marcam toda a sua trajetória, o Colégio São José mantém o seu espírito de vanguarda e comprometimento social para oferecer soluções educacionais de qualidade.